攸關全臺7萬多家未登記工廠補辦登記，於104年6月2日截止。根據經濟部中部辦公室統計，186區劃定特定地區，區內工廠家數709家，面積達546公頃，而依據工廠管理輔導法第34條補辦者，已有3,574家取得臨時工廠登記，在輔導期間享有和合法廠商相同權益，符合3K製程的製造業，亦可持臨時登記申請外勞。
立法院經濟委員會5月25日邀請經濟部、農委會、內政部及國發會針對工廠管理輔導法所定輔導規定執行現況進行專案報告。
因早期有許多家庭工廠座落於農地，以致地目不符而無法取得工廠登記證，工廠管理輔導法99年6月2日公布施行，修法增訂第33條、34條，明定輔導未登記工廠公告劃定特定地區以及補辦臨時工廠登記相關事項，讓這些工廠在符合一定條件下能合法經營。
輔導期間屆滿前，特定地區內的未登記工廠不適用都市計畫法、建築法等相關法規處分，其餘在97年3月14日以前既存的低汙染工廠，符合環保、消防、水利、水保等規定，可在104年6月2日前申請補辦登記，不過未登記工廠仍應在109年6月2日前取得土地及建築物合法使用證明。
換言之，只要取得臨時登記，在輔導期間不僅所有權益比照合法工廠，包括申請外勞、研發補助等，且在排除建築法規、土地管制等相關處分的保護傘下，讓這類工廠有時間進行改善。
中辦表示，劃定特定地區已完成公告者共有186區，都市土地32區，非都市土地154區，區內工廠家數709家。特定地區以外、依工管法第34條補辦臨時工廠登記的未登記工廠，截至104年5月17日止，合計7,458家提出申請，通過第一階段書面審查有6,537家，其中有3,574家取得臨時工廠登記。
立委林岱樺建議，將農地上的工廠全數納管，符合條件者採3至5年換證一次方式發給臨時登記，但要對不符資格的違章工廠嚴格處分。不過立委丁守中反對補辦臨時登記的期限一延再延，認為非法工廠是食安、公安、噪音的潛在來源，多年下來願意接受輔導、取得臨登的僅占5%，而全國工業總會日前舉辦座談會，也有企業公開表示反對。
經濟部次長楊偉甫表示，違章工廠有很多都有土地使用不符的問題，等6月2日補辦登記截止日一到，將依法處罰。
